Единственным акционером акционерного общества «Национальный холдинг «QazBioPharm» является Правительство Республики Казахстан в лице Комитета государственного имущества и приватизации Министерства финансов Республики Казахстан.
Постановлением Правительства Республики Казахстан «О некоторых вопросах создания акционерного общества «Национальный холдинг «QazBioPharm» от 20 декабря 2021 года № 910 права владения и пользования государственным пакетом акций Холдинга переданы Министерству здравоохранения Республики Казахстан.